В ответ на призыв партии и в результате активной работы коммунистов сотни новых бойцов пополняли партизанские отряды. В мае 1943 года были сформированы первые батальоны, а также первые областные штабы. В начале июля в Албании насчитывалось 20 партизанских батальонов и 30 партизанских отрядов.
В то время как здоровые силы партии, выполняя решения I Национальной конференции КПА, занимались организацией Национально-освободительной армии и подготовкой всеобщего народного восстания, враги народа и партии в лице С. Премте и Ко, ранее осужденные  Чрезвычайной конференцией КПА в июне 1942 года, тайно организовали во Влорской области враждебную КПА фракцию.
Враждебная фракция поставила перед собой цель прибрать к рукам руководство партийной организации, а также штабы партизанских отрядов Влорской области, устранить надежных коммунистов и, в первую очередь, руководящие кадры, погасить в области освободительную борьбу, а затем продолжать дальнейшую подрывную работу в других областях страны, свергнуть Центральный Комитет и ликвидировать Коммунистическую партию.
Тяжелое положение, создавшееся в парторганизации Влорской области, с полным основанием было расценено Центральным Комитетом как большая опасность для всей партии. Для руководства борьбой против фракции туда отправился Генеральный секретарь Энвер Ходжа.
Борьба за ликвидацию фракции (май-июнь 1943г.), возглавленная Э. Ходжа и его соратниками (Хюсни Капо и др.), была тяжелой и упорной.  Но, из этой борьбы партия вышла еще более окрепшей.
События во Влоре послужили хорошим уроком для всей партии. Они помогли коммунистам глубже осознать опасность, которую представляли враги для партии, что способствовало укреплению дисциплины, повышению бдительности и боевого духа в их революционной деятельности.
4 июля 1943 года, выполняя решения I Национальной конференции КПА по организации Албанской Национально-освободительной армии, Генеральный Национально-освободительный совет  создает Генеральный штаб Национально-освободительной армии. Генеральный секретарь КПА Энвер Ходжа избирается Политическим комиссаром штаба.
Генеральный штаб организовал Албанскую Национально-освободительную армию (АНОА), сосредоточив в своих руках стратегическое и оперативное руководство вооруженной борьбой против захватчиков и предателей и одновременно разработав тактику этой борьбы.
К моменту создания Генерального штаба АНОА насчитывала в своих рядах около 10 тысяч бойцов, составлявших постоянные партизанские части. Примерно вдвое большее число бойцов входило в добровольческие отряды освобожденных деревень и в боевые группы оккупированных городов и районов.
С созданием Генерального штаба вооруженная борьба вступила в свой новый этап, этап более высокой организации и бурного развития, в этап всеобщего народного восстания. Повсюду в стране части Национально-освободительной армии и добровольческие отряды при содействии народных масс вступали в схватки с итальянскими оккупационными вооруженными силами, а также с немецкими войсками, уже вступившими на албанскую территорию и передвигавшимися по ней.
Через Генеральный штаб Коммунистическая партия, под руководством Энвера Ходжа, наиболее полно претворила в жизнь в условиях Албании марксистско-ленинское учение о народном вооруженном восстании и разрешила главные военно-политические и организационные вопросы Национально-освободительной армии.
В целях дальнейшего укрепления единства албанского народа в антифашистской борьбе с 4 по 9 сентября в Лябиноте состоялась II Национально-освободительная конференция.
На основе доклада, представленного Генеральным секретарем КПА Энвером Ходжа, Лябинотская конференция провозгласила Национально-освободительные советы единственно законной народной властью в Албании.  Конференция также осудила предательский компромисс на разделение власти с коллаборационистской «Баллы Комбетар» (так называемое Мукьенское соглашение), нанеся тем самым сокрушительный удар по силам реакции, пытавшимся использовать плоды народной победы для захвата власти буржуазией и помещиками.